PRPF31 (PRPF31)

Фактор процессирования пре-мРНК 31
Фактор процессирования пре-мРНК 31
	PDB прорисовано по 2ozb.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 2OZB, 3SIU, 3SIV
Идентификаторы
Символ	PRPF31 ; NY-BR-99; PRP31; RP11; SNRNP61
Внешние ID	OMIM: 606419 MGI: 1916238 HomoloGene: 5980 GeneCards: Ген PRPF31
Функция	• protein binding; • ribonucleoprotein complex binding; • poly(A) RNA binding; • snRNP binding;
Компонент клетки	• nucleus; • U2-type spliceosomal complex; • U4 snRNP; • U4atac snRNP; • Cajal body; • nuclear speck; • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex; • MLL1 complex;
Биологический процесс	• spliceosomal tri-snRNP complex assembly; • mRNA splicing, via spliceosome;
	Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи

PRP31 — обрабатывающий пре-мРНК фактор 31, гомолог (S. Cerevisiae ^[1]) (англ. «PRP31 pre-mRNA processing factor 31 homolog (S. cerevisiae)») , также известный как PRPF31 , — белок, кодируемый у человека геном PRPF31.^[2]

Функция

PRPF31 — ген, кодирующий фактор сплайсинга hPRP31. Это имеет важное значение для формирования сплайсосом hPRP31 связанных с U4/U4 di-snRNP и взаимодействующих с другим фактором сплайсинга hPRP6, для формирования U4/U6- U5 tri-snRNP. Было выявлено, что когда срывается РНК-интерференция hPRP31, U4/U6 di-snPRNPs накапливаются в тельцах Кахаля и U4/U6-U5 tri-snRNP не может сформироваться. ^[3]

PRPF31 набирает интроны после присоединения U4 и U6 РНК и 15.5K белка NHP2L1. Добавление PRPF31 имеет решающее значение для перехода сплайсосомного комплекса в активированное состояние.^[4]

Клиническое значение

Мутация в PRPF31 является одной из 4 известных мутаций факторов сплайсинга, которые, как известно, вызывают пигментный ретинит . Первая мутация в PRPF31 была обнаружена Vithana и др. в 2001 году.^[2] пигментный ретинит (RP) является клинически и генетически гетерогенной группой дистрофии сетчатки, характеризующейся прогрессирующей дегенерацией фоторецепторов, что в конечном счёте, приводит к серьёзным нарушениям зрения.^[5]

Наследование

Мутации в PRPF31 наследуются аутосомно-доминантным образом, что приводит к 2,5% случаев аутосомно-доминантного пигментного ретинита (adRP) в смешанном населении Великобритании. ^[6] Однако картина наследования мутаций PRPF31 не является типично доминантным наследованием, показывая феномен частичной пенетрантности , в результате чего доминантные мутации появляются с "пропусками" поколений. Это, как полагают, из-за наличия двух аллелей дикого типа (англ. «wild type»), высокоэкспрессивного аллеля и низкоэкспрессивного аллеля. Если пациент имеет мутантный аллель и высокоэкспрессивный аллель, то они не являют фенотип болезни. Если пациент имеет мутантный аллель и алель низкого уровня экспрессивности, остаточный уровень белка падает ниже порога для нормального функционирования, и в этом случае они являют фенотип болезни. Поэтому картину наследования PRPF31 можно рассматривать как разновидность гаплонедостаточности. Этот вариант гаплонедостаточности виден только в двух других заболеваниях человека: протопорфирия эритроцитов, вызванная мутациями в гене FECH; и наследственный овалоцитоз, вызванные мутациями в спектриновом гене. ^[7] ^[8]

Примечания

↑ Вероятно, Saccharomyces cerevisiae- пекарские дрожжи, имеется в виду человеческий гомолог этого грибка
↑ ¹ ² Vithana E.N., Abu-Safieh L., Allen M.J., Carey A., Papaioannou M., Chakarova C., Al-Maghtheh M., Ebenezer N.D., Willis C., Moore A.T., Bird A.C., Hunt D.M., Bhattacharya S.S. A human homolog of yeast pre-mRNA splicing gene, PRP31, underlies autosomal dominant retinitis pigmentosa on chromosome 19q13.4 (RP11) (англ.) // Molecular Cell^[англ.] : journal. — 2001. — August (vol. 8, no. 2). — P. 375—381. — doi:10.1016/S1097-2765(01)00305-7. — PMID 11545739.
↑ Schaffert N., Hossbach M., Heintzmann R., Achsel T., Lührmann R. RNAi knockdown of hPrp31 leads to an accumulation of U4/U6 di-snRNPs in Cajal bodies (англ.) // The EMBO Journal : journal. — 2004. — August (vol. 23, no. 15). — P. 3000—3009. — doi:10.1038/sj.emboj.7600296. — PMID 15257298. — PMC 514917.
↑ Liu S., Li P., Dybkov O., Nottrott S., Hartmuth K., Lührmann R., Carlomagno T., Wahl M.C. Binding of the human Prp31 Nop domain to a composite RNA-protein platform in U4 snRNP (англ.) // Science : journal. — 2007. — April (vol. 316, no. 5821). — P. 115—120. — doi:10.1126/science.1137924. — PMID 17412961.
↑ Entrez Gene: PRPF31 PRP31 pre-mRNA processing factor 31 homolog (S. cerevisiae) (неопр.).
↑ Waseem N.H., Vaclavik V., Webster A., Jenkins S.A., Bird A.C., Bhattacharya S.S. Mutations in the gene coding for the pre-mRNA splicing factor, PRPF31, in patients with autosomal dominant retinitis pigmentosa (англ.) // Investigative Ophthalmology & Visual Science^[англ.] : journal. — 2007. — March (vol. 48, no. 3). — P. 1330—1334. — doi:10.1167/iovs.06-0963. — PMID 17325180.
↑ Randon J., Boulanger L., Marechal J., Garbarz M., Vallier A., Ribeiro L., Tamagnini G., Dhermy D., Delaunay J. A variant of spectrin low-expression allele alpha LELY carrying a hereditary elliptocytosis mutation in codon 28 (англ.) // British Journal of Haematology^[англ.] : journal. — 1994. — November (vol. 88, no. 3). — P. 534—540. — doi:10.1111/j.1365-2141.1994.tb05070.x. — PMID 7819065.
↑ Gouya L., Puy H., Lamoril J., Da Silva V., Grandchamp B., Nordmann Y., Deybach JC. Inheritance in erythropoietic protoporphyria: a common wild-type ferrochelatase allelic variant with low expression accounts for clinical manifestation (англ.) // American Journal of Human Genetics^[англ.] : journal. — 1998. — June (vol. 93, no. 6). — P. 2150—2110. — PMID 10068685.

Литература

Tarizzo M.L. The World Health Organization and the prevention of blindness (англ.) // Transactions. Section on Ophthalmology. American Academy of Ophthalmology and Otolaryngology : journal. — 1975. — Vol. 79, no. 3 Pt 2. — P. OP453—6. — PMID 1154573.
al-Maghtheh M., Inglehearn C.F., Keen T.J., et al. Identification of a sixth locus for autosomal dominant retinitis pigmentosa on chromosome 19 (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 1994. — Vol. 3, no. 2. — P. 351—354. — doi:10.1093/hmg/3.2.351. — PMID 8004108.
Al-Maghtheh M., Vithana E., Tarttelin E., et al. Evidence for a major retinitis pigmentosa locus on 19q13.4 (RP11) and association with a unique bimodal expressivity phenotype (англ.) // American Journal of Human Genetics^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 59, no. 4. — P. 864—871. — PMID 8808602. — PMC 1914817.
Hartley J.L., Temple G.F., Brasch M.A. DNA Cloning Using In Vitro Site-Specific Recombination (англ.) // Genome Research : journal. — 2001. — Vol. 10, no. 11. — P. 1788—1795. — doi:10.1101/gr.143000. — PMID 11076863. — PMC 310948.
Wiemann S., Weil B., Wellenreuther R., et al. Toward a Catalog of Human Genes and Proteins: Sequencing and Analysis of 500 Novel Complete Protein Coding Human cDNAs (англ.) // Genome Research : journal. — 2001. — Vol. 11, no. 3. — P. 422—435. — doi:10.1101/gr.GR1547R. — PMID 11230166. — PMC 311072.
Simpson J.C., Wellenreuther R., Poustka A., et al. Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing (англ.) // EMBO Reports^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 1, no. 3. — P. 287—292. — doi:10.1093/embo-reports/kvd058. — PMID 11256614. — PMC 1083732.
Vithana E.N., Abu-Safieh L., Allen M.J., et al. A human homolog of yeast pre-mRNA splicing gene, PRP31, underlies autosomal dominant retinitis pigmentosa on chromosome 19q13.4 (RP11) (англ.) // Molecular Cell^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 8, no. 2. — P. 375—381. — doi:10.1016/S1097-2765(01)00305-7. — PMID 11545739.
Makarova O.V., Makarov E.M., Liu S., et al. Protein 61K, encoded by a gene (PRPF31) linked to autosomal dominant retinitis pigmentosa, is required for U4/U6·U5 tri-snRNP formation and pre-mRNA splicing (англ.) // The EMBO Journal : journal. — 2002. — Vol. 21, no. 5. — P. 1148—1157. — doi:10.1093/emboj/21.5.1148. — PMID 11867543. — PMC 125353.
Deery E.C., Vithana E.N., Newbold R.J., et al. Disease mechanism for retinitis pigmentosa (RP11) caused by mutations in the splicing factor gene PRPF31 (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2003. — Vol. 11, no. 25. — P. 3209—3219. — doi:10.1093/hmg/11.25.3209. — PMID 12444105.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Martínez-Gimeno M., Gamundi M.J., Hernan I., et al. Mutations in the pre-mRNA splicing-factor genes PRPF3, PRPF8, and PRPF31 in Spanish families with autosomal dominant retinitis pigmentosa (англ.) // Investigative Ophthalmology & Visual Science^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 44, no. 5. — P. 2171—2177. — doi:10.1167/iovs.02-0871. — PMID 12714658.
Scanlan M.J., Gout I., Gordon C.M., et al. Humoral immunity to human breast cancer: antigen definition and quantitative analysis of mRNA expression (англ.) // Cancer Immun. : journal. — 2003. — Vol. 1. — P. 4. — PMID 12747765.
Wang L., Ribaudo M., Zhao K., et al. Novel Deletion in the Pre-mRNA Splicing Gene PRPF31 Causes Autosomal Dominant Retinitis Pigmentosa in a Large Chinese Family (англ.) // American Journal of Medical Genetics^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 121, no. 3. — P. 235—239. — doi:10.1002/ajmg.a.20224. — PMID 12923864. — PMC 1579744.
Reuter T.Y., Medhurst A.L., Waisfisz Q., et al. Yeast two-hybrid screens imply involvement of Fanconi anemia proteins in transcription regulation, cell signaling, oxidative metabolism, and cellular transport (англ.) // Experimental Cell Research^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 289, no. 2. — P. 211—221. — doi:10.1016/S0014-4827(03)00261-1. — PMID 14499622.
Vithana E.N., Abu-Safieh L., Pelosini L., et al. Expression of PRPF31 mRNA in patients with autosomal dominant retinitis pigmentosa: a molecular clue for incomplete penetrance? (англ.) // Investigative Ophthalmology & Visual Science^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 44, no. 10. — P. 4204—4209. — doi:10.1167/iovs.03-0253. — PMID 14507862.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Grimwood J., Gordon L.A., Olsen A., et al. The DNA sequence and biology of human chromosome 19 (англ.) // Nature : journal. — 2004. — Vol. 428, no. 6982. — P. 529—535. — doi:10.1038/nature02399. — PMID 15057824.
Xia K., Zheng D., Pan Q., et al. A novel PRPF31 splice-site mutation in a Chinese family with autosomal dominant retinitis pigmentosa (англ.) // Molecular Vision^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 10. — P. 361—365. — PMID 15162096.
Schaffert N., Hossbach M., Heintzmann R., et al. RNAi knockdown of hPrp31 leads to an accumulation of U4/U6 di-snRNPs in Cajal bodies (англ.) // The EMBO Journal : journal. — 2005. — Vol. 23, no. 15. — P. 3000—3009. — doi:10.1038/sj.emboj.7600296. — PMID 15257298. — PMC 514917.
Gerhard D.S., Wagner L., Feingold E.A., et al. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Research : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.

[1] Вероятно, Saccharomyces cerevisiae- пекарские дрожжи, имеется в виду человеческий гомолог этого грибка

[pmid11545739-2] ¹ ² Vithana E.N., Abu-Safieh L., Allen M.J., Carey A., Papaioannou M., Chakarova C., Al-Maghtheh M., Ebenezer N.D., Willis C., Moore A.T., Bird A.C., Hunt D.M., Bhattacharya S.S. A human homolog of yeast pre-mRNA splicing gene, PRP31, underlies autosomal dominant retinitis pigmentosa on chromosome 19q13.4 (RP11) (англ.) // Molecular Cell^[англ.] : journal. — 2001. — August (vol. 8, no. 2). — P. 375—381. — doi:10.1016/S1097-2765(01)00305-7. — PMID 11545739.

[pmid15257298-3] Schaffert N., Hossbach M., Heintzmann R., Achsel T., Lührmann R. RNAi knockdown of hPrp31 leads to an accumulation of U4/U6 di-snRNPs in Cajal bodies (англ.) // The EMBO Journal : journal. — 2004. — August (vol. 23, no. 15). — P. 3000—3009. — doi:10.1038/sj.emboj.7600296. — PMID 15257298. — PMC 514917.

[pmid17412961-4] Liu S., Li P., Dybkov O., Nottrott S., Hartmuth K., Lührmann R., Carlomagno T., Wahl M.C. Binding of the human Prp31 Nop domain to a composite RNA-protein platform in U4 snRNP (англ.) // Science : journal. — 2007. — April (vol. 316, no. 5821). — P. 115—120. — doi:10.1126/science.1137924. — PMID 17412961.

[entrez-5] Entrez Gene: PRPF31 PRP31 pre-mRNA processing factor 31 homolog (S. cerevisiae) (неопр.).

[pmid17325180-6] Waseem N.H., Vaclavik V., Webster A., Jenkins S.A., Bird A.C., Bhattacharya S.S. Mutations in the gene coding for the pre-mRNA splicing factor, PRPF31, in patients with autosomal dominant retinitis pigmentosa (англ.) // Investigative Ophthalmology & Visual Science^[англ.] : journal. — 2007. — March (vol. 48, no. 3). — P. 1330—1334. — doi:10.1167/iovs.06-0963. — PMID 17325180.

[pmid7819065-7] Randon J., Boulanger L., Marechal J., Garbarz M., Vallier A., Ribeiro L., Tamagnini G., Dhermy D., Delaunay J. A variant of spectrin low-expression allele alpha LELY carrying a hereditary elliptocytosis mutation in codon 28 (англ.) // British Journal of Haematology^[англ.] : journal. — 1994. — November (vol. 88, no. 3). — P. 534—540. — doi:10.1111/j.1365-2141.1994.tb05070.x. — PMID 7819065.

[pmid10068685-8] Gouya L., Puy H., Lamoril J., Da Silva V., Grandchamp B., Nordmann Y., Deybach JC. Inheritance in erythropoietic protoporphyria: a common wild-type ferrochelatase allelic variant with low expression accounts for clinical manifestation (англ.) // American Journal of Human Genetics^[англ.] : journal. — 1998. — June (vol. 93, no. 6). — P. 2150—2110. — PMID 10068685.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]