Название Виндавская улица получила 16 апреля1887 года по городу Виндава в Латвии, в ряду проездов Нарвской полицейской части, названных по городам прибалтийских губерний России[2].
Изначально проходила до набережной Сельдяного канала, но в 1950-х годах сокращена до современного состояния.
Здание портовой таможни, вид от Виндавской улицыЗдание университета водных коммуникаций
В начале улицы — историческое здание портовой таможни, построенное в конце XIX века (проект гражданских инженеров Г. М. Курдюмова и В. А. Лучинского) в ряду других портовых зданий и сооружений (адрес: Межевой канал, дом 5). памятник архитектуры (вновь выявленный объект)[3]
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Ленинграда. — 3-е изд., испр. и доп. — Л.: Лениздат, 1985. — С. 71. — 511 с.
Виндавская ул. // Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 32. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 5-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 2002. — 353 с. — ISBN 5-7711-0019-6.
Топонимическая энциклопедия Санкт-Петербурга. — СПб.: Информационно-издательское агентство ЛИК, 2002. — С. 76. — 808 с. — ISBN 5-86038-094-1.