Клуб был основан 15 июля 2010 года[1]. Название клуба «Саксан» с гагаузского языка переводится как «Сорока». В первый же год существования команда завоевала первое место в Дивизионе «Б» (Юг), обеспечив тем самым себе право выступать в Дивизионе «А». В сезоне 2013/14 «Саксан» досрочно, за четыре тура до конца чемпионата, занял первое место в Дивизионе «А», это позволило клубу выступать в высшей лиге страны — Национальном дивизионе[3]. Дебютный сезон в высшей лиге Молдавии команда закончила на 5-м месте[4]. 29 мая стало известно, что главным тренером назначен Влад Гоян, контракт с которым подписан на один год[5]. Из-за расформирования клуба «Тирасполь» команда приняла участие в первом квалификационном раунде Лиги Европы 2015/16. Оба матча против кипрского «Аполлона» молдавский клуб проиграл со счётом 0:2[6].
В чемпионате Молдавии сезона 2015/16 годов «Саксан» занял последнее 10-е место, но провёл и следующий сезон в высшем дивизионе, по итогам которого занял предпоследнее 10-е место и добровольно перешёл в лигу ниже (Дивизион «А»). В сезоне-2017 команда заняла предпоследнее 12-е место уже в Дивизионе «А». После сезона-2018 (6-е место в Дивизионе «А») клуб был исключён из лиги.
3 января 2013 года гагаузский исполнитель Виталий Манжул представил окончательную версию гимна, который он написал специально для футбольного клуба «Саксан»[8].
Саксан
Гафур Гульбердыев
Победитель Дивизиона «A» (1): 2013/14
Аполлон
