Ненад Перуничич начинал профессиональную карьеру выступая за югославские клубы «Югович» и «Црвена звезда». В 1993 году Перуничич перешёл во французский клуб «ПСЖ-Асньэре». В 1994 году Ненад Перуничич перешёл в испанский клуб «Бидасоа» Ирун. Перуничич помог в 1995 году выиграть чемпионат Испании и лигу чемпионов ЕГФ. В 1997 году Перуничич перешёл в немецкий клуб «Киль». В составе ГК Киль Ненад Перуничич выиграл три раза чемпионат Германии. В 2001 году Перуничич перешёл в немецкий клуб «Магдебург», где выиграл чемпионат Германии и лигу чемпионов ЕГФ. В 2004 году Перуничич перешёл в немецкий клуб «Валлау/Массенхайм». С 2005 года Ненад Перуничич выступал за катарский клуб «Аль-Ахли», венгерский клуб «Пик». В 2006 году Перуничич перешёл в испанский клуб «Барселона», которому помог стать чемпионом Испании. В 2007 году Ненад Перуничич перешёл в испанский клуб «Альхесирас». Заканчивал профессиональную карьеру Перуничич выступал в клубе «Црвена звезда», «Будучность» Подгорица. В 2015 году Ненад Перуничич снова выступал в сербском клубе «Црвена звезда», будучи главным тренером команды. Так же возглавлял сборную Сербии.
Югославия → 
Черногория и 
Германия.svg){kind=small}
.svg){kind=small}