SBGN (SBGN)
SBGN (англ. Systems Biology Graphical Notation) — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков, молекулярных биологов и биоинформатиков[1].
История
[править | править код]Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI)[2]. Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.
Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года[3]. Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1 сентября 2009 года[4]. Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года[5] одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow[6].
Виды диаграмм
[править | править код]Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм:
- Диаграмма процессов (Process Descriptions, PD)
- Диаграмма взаимодействий (Entity Relationships, ER)
- Диаграмма потоков деятельности (Activity Flows, AF)
Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системе. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определённой семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.
Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессов[3][4].
Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учёта их организации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва. Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системы[5].
Диаграмма потоков деятельности, в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов (SBGN-PD) или отдельных агентов (SBGN-ER), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имеющими общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций)[6].
Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD) уже доступны[7].
См. также
[править | править код]Ссылки
[править | править код]- Официальный сайт sbgn.org Архивная копия от 5 января 2009 на Wayback Machine
Примечания
[править | править код]- ↑ Le Novère N., Hucka M., Mi H., Moodie S., Schreiber F., Sorokin A et al. The Systems Biology Graphical Notation. (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group, 2009. — Vol. 27, no. 8. — P. 735—741. — doi:10.1038/nbt.1558. — PMID 19668183.
- ↑ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol Cell (2006) doi:10.1091/mbc.E05-09-0824
- ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Systems Biology Graphical Notation: Process Diagram Level 1. Nature Precedings (2008) doi:10101/npre.2008.2320.1 Архивная копия от 5 мая 2014 на Wayback Machine
- ↑ 1 2 Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3721.1 Архивная копия от 17 июля 2010 на Wayback Machine
- ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3719.1 Архивная копия от 16 июля 2010 на Wayback Machine
- ↑ 1 2 Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3724.1 Архивная копия от 16 июля 2010 на Wayback Machine
- ↑ Community#SBGN_Software. sbgn.org. Дата обращения: 4 августа 2010. Архивировано 4 мая 2012 года.