Логика управления окнами в Mutter полностью унаследована от оконного менеджера Metacity. Из значительных улучшений можно отметить гибкую систему расширения функциональности за счёт подключения плагинов, которые могут полностью изменить логику управления окнами и организацию оформления экрана. Mutter может использоваться как отдельный оконный/композитный менеджер, так и выступать в качестве основы для таких оболочек, как GNOME Shell или Moblin.
