Ligamenvirales (Ligamenvirales)

*Ligamenvirales*
Ligamenvirales
	; Вирион рода Betalipothrixvirus
Научная классификация
	Группа: Вирусы Реалм: Adnaviria Царство: Zilligvirae Тип: Taleaviricota Класс: Tokiviricetes Порядок: Ligamenvirales
Международное научное название
	Ligamenvirales
Группа по Балтимору
	I: дцДНК-вирусы
EOL	23388345

Ligamenvirales — это отряд линейных вирусов, которые заражают архей типа Thermoproteota (ранее Crenarchaeota) и имеют двухцепочечные ДНК-геномы^[2]. Отряд был предложен Давидом Прангишвили и Мартом Круповичем в 2012 году и впоследствии создан Международным комитетом по систематике вирусов (ICTV).

Название происходит от латинского ligamen, что означает струна или нить.

Классификация

В этом отряде есть два семейства — Lipothrixviridae и Rudiviridae.

Вироны нитевидные со спиральным нуклеокапсидом. На обоих концах прикреплены либо ворсинки, либо более сложные структуры, участвующие в адгезии к клетке-хозяину.

Основные белки оболочки как липотриксвирусов, так и рудивирусов имеют необычную топологию пучка из четырёх спиралей^[3]^[4]^[5]^[6]. Геном представляет собой несегментированную линейную двухцепочечную ДНК. Вирусы из этих двух семейств имеют до десяти общих генов. Основное различие между этими двумя семействами заключается в том, что члены семейства Rudiviridae не покрыты оболочкой, в то время как нуклеокапсиды липотриксвирусов окружены липидной мембраной. Кроме того, в то время как капсид рудивирусов состоит из одного основного капсидного белка, капсид липотриксвирусов образован из двух паралогичных основных капсидных белков. В обеих группах вирусов основные капсидные белки образуют когтеобразный димер (гомодимер у рудивирусов и гетеродимер у липотриксвирусов), который оборачивается вокруг дцДНК.

Представители Ligamenvirales структурно связаны с архейными вирусами семейства Tristromaviridae, которые, подобно липотриксвирусам, кодируют два паралогичных основных капсидных белка с той же складкой, что и у лигаменвирусов^[7]. Из-за этих структурных сходств отряд Ligamenvirales и семейство Tristromaviridae было предложено объединить в класс «Tokiviricetes» (toki означает «нить» на грузинском языке, а viricetes — официальный суффикс для класса вирусов)^[7].

На март 2020 года в порядок включают 2 семейства и 5 родов^[8]:

Семейство Lipothrixviridae
- Род Alphalipothrixvirus
- Род Betalipothrixvirus
- Род Deltalipothrixvirus
- Род Gammalipothrixvirus
Семейство Lipothrixviridae
- Род Rudivirus

У представителей отряда имеется до 10 общих генов.

Примечания

↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
↑ Prangishvili D; Krupovic M (2012). "A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order Ligamenvirales". Arch Virol. 157 (4): 791—795. doi:10.1007/s00705-012-1229-7. PMID 22270758.
↑ Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50) 21155-60
↑ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Krupovic, M; Prangishvili, D; Egelman, EH (2015). "Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA". Science. 348 (6237): 914—7. doi:10.1126/science.aaa4181. PMC 5512286. PMID 25999507.
↑ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Krupovic, M; Schouten, S; Prangishvili, D; Egelman, EH (2017). "Model for a novel membrane envelope in a filamentous hyperthermophilic virus". eLife. 6: e26268. doi:10.7554/eLife.26268. PMC 5517147. PMID 28639939.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
↑ Liu, Y; Osinski, T; Wang, F; Krupovic, M; Schouten, S; Kasson, P; Prangishvili, D; Egelman, EH (2018). "Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile". Nature Communications. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo...9.3360L. doi:10.1038/s41467-018-05684-6. PMC 6105669. PMID 30135568.
↑ ¹ ² Wang, Fengbin; Baquero, Diana P; Su, Zhangli; Osinski, Tomasz; Prangishvili, David; Egelman, Edward H; Krupovic, Mart (2020). "Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere". Virus Evolution. 6 (1): veaa023. doi:10.1093/ve/veaa023. PMC 7189273. PMID 32368353.
↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV). (Дата обращения: 24 апреля 2020).

[1] Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).

[2] Prangishvili D; Krupovic M (2012). "A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order Ligamenvirales". Arch Virol. 157 (4): 791—795. doi:10.1007/s00705-012-1229-7. PMID 22270758.

[Goulet20092-3] Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50) 21155-60

[4] DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Krupovic, M; Prangishvili, D; Egelman, EH (2015). "Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA". Science. 348 (6237): 914—7. doi:10.1126/science.aaa4181. PMC 5512286. PMID 25999507.

[5] Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Krupovic, M; Schouten, S; Prangishvili, D; Egelman, EH (2017). "Model for a novel membrane envelope in a filamentous hyperthermophilic virus". eLife. 6: e26268. doi:10.7554/eLife.26268. PMC 5517147. PMID 28639939.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)

[6] Liu, Y; Osinski, T; Wang, F; Krupovic, M; Schouten, S; Kasson, P; Prangishvili, D; Egelman, EH (2018). "Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile". Nature Communications. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo...9.3360L. doi:10.1038/s41467-018-05684-6. PMC 6105669. PMID 30135568.

[tristroma-7] ¹ ² Wang, Fengbin; Baquero, Diana P; Su, Zhangli; Osinski, Tomasz; Prangishvili, David; Egelman, Edward H; Krupovic, Mart (2020). "Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere". Virus Evolution. 6 (1): veaa023. doi:10.1093/ve/veaa023. PMC 7189273. PMID 32368353.

[8] Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV). (Дата обращения: 24 апреля 2020).

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]