LINEs (LINEs)

LINEs (англ. Long interspersed nuclear element, Длинные Диспергированные Повторы^[1]) — длинные (несколько тысяч пар оснований^[2]) последовательности ДНК в геноме эукариот, представляющие собой ретротранспозоны, не содержащие длинных концевых повторов.

Первое описание LINE-последовательности, длиной около 6 400 пар оснований, было опубликовано в 1980 году.^[3]

Строение

На 3'-конце LINEs содержат либо поли(A)-хвост, либо аденин богатую последовательность, либо тандемно-повторяющиеся последовательности. LINEs содержат одну или две открытые рамки считывания^[4].

Выделяют 5 суперсемейств LINEs^[4]:

R2. Содержат одну открытую рамку считывания, которая кодирует обратную транскриптазу и эндонуклеазу. Считается, что это наиболее древнее семейство ретропозонов не содержащих длинных концевых повторов.
RTE. Также содержат одну открытую рамку считывания, кодирующую апуриновую-апуримидиновую эндонуклеазу и обратную транскриптазу.

Три других суперсемейства содержат две открытые рамки считывания. Продукт первой (ORF1) из которых, кодирует белок по свойствам похожий на продукт гена gag ретровирусов.

Jockey. Вторая открытая рамка считывания (ORF2) кодирует апуриновую-апуримидиновую эндонуклеазу и обратную транскриптазу.
L1. ORF2 кодирует те же элементы, что и у суперсемейства Jockey. LINEs этого суперсемейства являются наиболее изученными и наиболее распространенными в геноме млекопитающих. Так в геноме человека содержится более 500 тыс. копий ретропозонов LINE-1, что составляет около 17 % генома.
I. ORF2 кроме апуриновой-апуримидиновой эндонуклеазы и обратной транскриптазы кодирует также и РНКазу H.

См. также

Примечания

↑ Singer M. F. SINEs and LINEs: highly repeated short and long interspersed sequences in mammalian genomes. (англ.) // Cell. — 1982. — Vol. 28, no. 3. — P. 433—434. — PMID 6280868. [исправить]
↑ Антонио Лима-де-Фариа. Похвала «глупости» хромосомы: исповедь непокорной молекулы. — Москва: Бином. Лаборатория знаний, 2012. — С. 275. — 312 с. — ISBN 978-5-9963-0974-0.
↑ Adams, J. W., Kaufman, R. E., Kretschmer, P. J., Harrison, M., Nienhuis, A. W. A family of long reiterated DNA sequences, one copy of which is next to the human beta globin gene // Nucleic Acids Research : журнал. — 1980. — Т. 8, № 24. — С. 6113. — doi:10.1093/nar/8.24.6113.
↑ ¹ ² López-Flores I., Garrido-Ramos M. A. The repetitive DNA content of eukaryotic genomes // Garrido-Ramos M.A. Genome Dynamics. — 2012. — Т. 7. — С. 1-28. — ISBN 978-3-318-02149-3. — doi:10.1159/isbn.978-3-318-02150-9.

[1] Singer M. F. SINEs and LINEs: highly repeated short and long interspersed sequences in mammalian genomes. (англ.) // Cell. — 1982. — Vol. 28, no. 3. — P. 433—434. — PMID 6280868. [исправить]

[2] Антонио Лима-де-Фариа. Похвала «глупости» хромосомы: исповедь непокорной молекулы. — Москва: Бином. Лаборатория знаний, 2012. — С. 275. — 312 с. — ISBN 978-5-9963-0974-0.

[3] Adams, J. W., Kaufman, R. E., Kretschmer, P. J., Harrison, M., Nienhuis, A. W. A family of long reiterated DNA sequences, one copy of which is next to the human beta globin gene // Nucleic Acids Research : журнал. — 1980. — Т. 8, № 24. — С. 6113. — doi:10.1093/nar/8.24.6113.

[RepDNA-4] ¹ ² López-Flores I., Garrido-Ramos M. A. The repetitive DNA content of eukaryotic genomes // Garrido-Ramos M.A. Genome Dynamics. — 2012. — Т. 7. — С. 1-28. — ISBN 978-3-318-02149-3. — doi:10.1159/isbn.978-3-318-02150-9.

[1]

[2]

[3]

[4]