Chemical Markup Language (Chemical Markup Language)

Перейти к навигации Перейти к поиску
cml
Расширение .cml[1]
MIME-тип chemical/x-cml[1]
Разработчик Мюррей-Руст, Питер[2] и Henry S. Rzepa[вд][2]
Тип формата Язык описания химических соединений
Расширен из XML
Сайт xml-cml.org
cml.sourceforge.net

CML (Chemical Markup Language) — это язык описания химических соединений, основанный на универсальном языке разметки XML и Java.Это была первая реализация, специфичная для предметной области, основанная исключительно на XML , сначала на основе DTD  , а затем на схеме XML ,  наиболее надежной и широко используемой системы для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет компаниями Murray-Rust , Rzepa и другими и был протестирован во многих областях и на различных машинах.

Химическая информация традиционно хранится в файлах различных типов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам создавать совместимые документы. Существует ряд инструментов, которые могут создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химические данные в документах XML с помощью CML, например, в документах RSS .

CML способен поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:

  • молекулы
  • реакции
  • спектры и аналитические данные
  • вычислительная химия
  • химическая кристаллография и материалы

Подробности о ХМЛ и обсуждаемые в настоящее время вопросы теперь публикуются в блоге XML.

Управление версиями

[править | править код]

Версии схемы доступны на SourceForge . По состоянию на апрель 2012 г. последней замороженной схемой является CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 объявлены устаревшими.

Инструменты

[править | править код]

JUMBO начинал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь представляет собой библиотеку Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на анимированное представление SVG . реакции. [7] JUMBO превратился в обширную Java-библиотеку CMLDOM, [8] поддерживающую все элементы схемы. [9] Хотя раньше JUMBO был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом Jmol и JChemPaint , некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML. [10] См. Синий обелиск .

Поддержка программного обеспечения

[править | править код]

Программное обеспечение, импортирующее и экспортирующее действительный формат CML

  • Bioclipse
  • CDK
  • JOELib
  • OpenBabel
  • Avogadro
  • XDrawChem

Примечания

[править | править код]
  1. ↑ 1 2 https://web.archive.org/web/20161023123946/http://chemical-mime.sourceforge.net/chemical-mime-data.html
  2. ↑ 1 2 http://www.xml-cml.org/documentation/history.html

Литература

[править | править код]
  • Adams, Nico and Winter, Jerry and Murray-Rust, Peter and Rzepa, Henry S. Chemical Markup, XML and the World-Wide Web. 8. Polymer Markup Language (англ.) // Journal of Chemical Information and Modeling. — 2008. — Vol. 48, no. 11. — P. 2118--2128. — doi:10.1021/ci8002123.
  • Holzner, S. Real World XML. — New Riders, 2003. — P. 34-35. — 1162 p. — ISBN 9780735712867.
  • Harold, E.R. XML 1.1 Bible. — Wiley, 2004. — P. 17-20. — 1056 p. — ISBN 9780764569302.

Ссылки

[править | править код]
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Chemical_Markup_Language&oldid=136105351