CHD4 (CHD4)

Геликазный хромодомен ДНК-связывающего белка 4
Геликазный хромодомен ДНК-связывающего белка 4
	PDB представлено на примере 1mm2.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 1MM2, 1MM3, 2EE1, 2L5U, 2L75
Идентификаторы
Символ	CHD4 ; CHD-4; Mi-2b; Mi2-BETA
Внешние ID	OMIM: 603277 MGI: 1344380 HomoloGene: 68175 GeneCards: Ген CHD4
номер EC	3.6.4.12
Функция	• RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding; • RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific DNA binding; • RNA polymerase II repressing transcription factor binding; • DNA binding; • ATP-dependent DNA helicase activity; • protein binding; • ATP binding; • microtubule binding; • zinc ion binding; • nucleosomal DNA binding;
Компонент клетки	• nuclear chromatin; • nucleus; • nucleoplasm; • cytoplasm; • centrosome; • membrane; • NuRD complex; • protein complex;
Биологический процесс	• ATP catabolic process; • transcription, DNA-templated; • regulation of transcription from RNA polymerase II promoter; • DNA duplex unwinding; • ATP-dependent chromatin remodeling; • spindle assembly;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

Геликазный хромодомен ДНК-связывающего белка 4 — фермент, кодируемый у человека геном CHD4.^[1]^[2]^[3]

Продукт этого гена относится к семейству геликаз SNF2/RAD54. Оно представляет собой основной компонент нуклеосомного ремоделирования и комплекса деацетилаз и играет важную роль в эпигенетической репрессии транскрипции. У пациентов с дерматомиозитом вырабатываются антитела против этого белка.^[3]

Взаимодействия

CHD4, как было выявлено, взаимодействует с HDAC1,^[4]^[5]^[6] гистондезацетилазой 2,^[6]^[7]^[8] MTA2,^[4] SATB1^[9] и ATR.^[8]

Примечания

↑ Seelig H.P., Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. The major dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen is a presumed helicase involved in transcriptional activation (англ.) // Arthritis Rheum^[англ.] : journal. — 1995. — November (vol. 38, no. 10). — P. 1389—1399. — doi:10.1002/art.1780381006. — PMID 7575689.
↑ Seelig H.P., Renz M., Targoff I.N., Ge Q., Frank M.B. Two forms of the major antigenic protein of the dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen (англ.) // Arthritis Rheum^[англ.] : journal. — 1996. — November (vol. 39, no. 10). — P. 1769—1771. — doi:10.1002/art.1780391029. — PMID 8843877.
↑ ¹ ² Entrez Gene: CHD4 chromodomain helicase DNA binding protein 4 (неопр.).
↑ ¹ ² Yao, Ya-Li; Yang Wen-Ming. The metastasis-associated proteins 1 and 2 form distinct protein complexes with histone deacetylase activity (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — United States, 2003. — October (vol. 278, no. 43). — P. 42560—42568. — ISSN 0021-9258. — doi:10.1074/jbc.M302955200. — PMID 12920132.
↑ Grozinger, C M; Hassig C A; Schreiber S L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — UNITED STATES, 1999. — April (vol. 96, no. 9). — P. 4868—4873. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.96.9.4868. — PMID 10220385. — PMC 21783.
↑ ¹ ² Tong, J K; Hassig C A; Schnitzler G R; Kingston R E; Schreiber S L. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex (англ.) // Nature : journal. — ENGLAND, 1998. — October (vol. 395, no. 6705). — P. 917—921. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.
↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — United States, 2003. — February (vol. 278, no. 9). — P. 7234—7239. — ISSN 0021-9258. — doi:10.1074/jbc.M208992200. — PMID 12493763.
↑ ¹ ² Schmidt, D R; Schreiber S L. Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4 (англ.) // Biochemistry : journal. — UNITED STATES, 1999. — November (vol. 38, no. 44). — P. 14711—14717. — ISSN 0006-2960. — doi:10.1021/bi991614n. — PMID 10545197.
↑ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature : journal. — England, 2002. — October (vol. 419, no. 6907). — P. 641—645. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.

Литература

Denslow S.A., Wade P.A. The human Mi-2/NuRD complex and gene regulation (англ.) // Oncogene. — 2007. — Vol. 26, no. 37. — P. 5433—5438. — doi:10.1038/sj.onc.1210611. — PMID 17694084.
Ge Q., Nilasena D.S., O'Brien C.A., et al. Molecular analysis of a major antigenic region of the 240-kD protein of Mi-2 autoantigen (англ.) // J. Clin. Invest. : journal. — 1995. — Vol. 96, no. 4. — P. 1730—1737. — doi:10.1172/JCI118218. — PMID 7560064. — PMC 185809.
Woodage T., Basrai M.A., Baxevanis A.D., et al. Characterization of the CHD family of proteins (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1997. — Vol. 94, no. 21. — P. 11472—11477. — doi:10.1073/pnas.94.21.11472. — PMID 9326634. — PMC 23509.
Zhang Y., LeRoy G., Seelig H.P., et al. The dermatomyositis-specific autoantigen Mi2 is a component of a complex containing histone deacetylase and nucleosome remodeling activities (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1998. — Vol. 95, no. 2. — P. 279—289. — doi:10.1016/S0092-8674(00)81758-4. — PMID 9790534.
Tong J.K., Hassig C.A., Schnitzler G.R., et al. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex (англ.) // Nature : journal. — 1998. — Vol. 395, no. 6705. — P. 917—921. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.
Zhang Y., Ng H.H., Erdjument-Bromage H., et al. Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1999. — Vol. 13, no. 15. — P. 1924—1935. — doi:10.1101/gad.13.15.1924. — PMID 10444591. — PMC 316920.
Schmidt D.R., Schreiber S.L. Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4 (англ.) // Biochemistry : journal. — 1999. — Vol. 38, no. 44. — P. 14711—14717. — doi:10.1021/bi991614n. — PMID 10545197.
Humphrey G.W., Wang Y., Russanova V.R., et al. Stable histone deacetylase complexes distinguished by the presence of SANT domain proteins CoREST/kiaa0071 and Mta-L1 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 9. — P. 6817—6824. — doi:10.1074/jbc.M007372200. — PMID 11102443.
Andersen J.S., Lyon C.E., Fox A.H., et al. Directed proteomic analysis of the human nucleolus (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 1. — P. 1—11. — doi:10.1016/S0960-9822(01)00650-9. — PMID 11790298.
Koipally J., Georgopoulos K. A molecular dissection of the repression circuitry of Ikaros (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 31. — P. 27697—27705. — doi:10.1074/jbc.M201694200. — PMID 12015313.
Saito M., Ishikawa F. The mCpG-binding domain of human MBD3 does not bind to mCpG but interacts with NuRD/Mi2 components HDAC1 and MTA2 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 38. — P. 35434—35439. — doi:10.1074/jbc.M203455200. — PMID 12124384.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Hakimi M.A., Dong Y., Lane W.S., et al. A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — Vol. 278, no. 9. — P. 7234—7239. — doi:10.1074/jbc.M208992200. — PMID 12493763.
Kwan A.H., Gell D.A., Verger A., et al. Engineering a protein scaffold from a PHD finger (неопр.) // Structure. — 2004. — Т. 11, № 7. — С. 803—813. — doi:10.1016/S0969-2126(03)00122-9. — PMID 12842043.
Shimono Y., Murakami H., Kawai K., et al. Mi-2 beta associates with BRG1 and RET finger protein at the distinct regions with transcriptional activating and repressing abilities (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 278, no. 51. — P. 51638—51645. — doi:10.1074/jbc.M309198200. — PMID 14530259.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Williams C.J., Naito T., Arco P.G., et al. The chromatin remodeler Mi-2beta is required for CD4 expression and T cell development (англ.) // Immunity : journal. — Cell Press, 2004. — Vol. 20, no. 6. — P. 719—733. — doi:10.1016/j.immuni.2004.05.005. — PMID 15189737.
Lehner B., Sanderson C.M. A protein interaction framework for human mRNA degradation (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 7. — P. 1315—1323. — doi:10.1101/gr.2122004. — PMID 15231747. — PMC 442147.

[pmid7575689-1] Seelig H.P., Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. The major dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen is a presumed helicase involved in transcriptional activation (англ.) // Arthritis Rheum^[англ.] : journal. — 1995. — November (vol. 38, no. 10). — P. 1389—1399. — doi:10.1002/art.1780381006. — PMID 7575689.

[pmid8843877-2] Seelig H.P., Renz M., Targoff I.N., Ge Q., Frank M.B. Two forms of the major antigenic protein of the dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen (англ.) // Arthritis Rheum^[англ.] : journal. — 1996. — November (vol. 39, no. 10). — P. 1769—1771. — doi:10.1002/art.1780391029. — PMID 8843877.

[entrez-3] ¹ ² Entrez Gene: CHD4 chromodomain helicase DNA binding protein 4 (неопр.).

[pmid12920132-4] ¹ ² Yao, Ya-Li; Yang Wen-Ming. The metastasis-associated proteins 1 and 2 form distinct protein complexes with histone deacetylase activity (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — United States, 2003. — October (vol. 278, no. 43). — P. 42560—42568. — ISSN 0021-9258. — doi:10.1074/jbc.M302955200. — PMID 12920132.

[pmid10220385-5] Grozinger, C M; Hassig C A; Schreiber S L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — UNITED STATES, 1999. — April (vol. 96, no. 9). — P. 4868—4873. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.96.9.4868. — PMID 10220385. — PMC 21783.

[pmid9804427-6] ¹ ² Tong, J K; Hassig C A; Schnitzler G R; Kingston R E; Schreiber S L. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex (англ.) // Nature : journal. — ENGLAND, 1998. — October (vol. 395, no. 6705). — P. 917—921. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.

[pmid12493763-7] Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — United States, 2003. — February (vol. 278, no. 9). — P. 7234—7239. — ISSN 0021-9258. — doi:10.1074/jbc.M208992200. — PMID 12493763.

[pmid10545197-8] ¹ ² Schmidt, D R; Schreiber S L. Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4 (англ.) // Biochemistry : journal. — UNITED STATES, 1999. — November (vol. 38, no. 44). — P. 14711—14717. — ISSN 0006-2960. — doi:10.1021/bi991614n. — PMID 10545197.

[pmid12374985-9] Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature : journal. — England, 2002. — October (vol. 419, no. 6907). — P. 641—645. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]