Данная филогения птерозавров представлена различными филогенетическими деревьями, которые используются для классификации птерозавров на протяжении многих лет и отражает различные мнения о происхождении этих животных. В данное время филогения птерозавров имеет несколько гипотез, представленных ниже.
Матрица Анвина включает 19 групп птерозавров (большинство из которых являются надвидовыми) плюс один внегрупповой вид (Euparkeria capensis). Таксоны были собраны по 60 признакам.
Матрица Келлнера содержит 39 валидных видов птерозавров, хотя Rhamphorhynchus longicaudus и Nyctosaurus bonneri обычно считаются синонимичными R. muensteri и N. gracilis соответственно плюс три внегрупповых вида (Ornithosuchus longidens, Herrerasaurus ischigualastensis и Scleromochlus taylori). Такcоны были собраны по 74 признакам.
В 2010 году Брайан Блейк Андрес в своей диссертации написал обзор филогении птерозавров. Его филогенетический анализ объединил данные, главным образом, трёх различных матриц: первоначальный анализ Келлнера (2003) и его обновлений (.. Келлнер (2004), Ванг и др. (2005) и Ванг и др. (2009), первоначальный анализ Анвина (2003) и его обновления (Анвин (2002), Анвин (2004), Лю и др. (2008) и Лю и др. (2009)) и собственные предыдущие анализы (Андрес др. (2005), Андрес и Джи (2008) и Андрес др. (2010). Дополнительные наименования взяты у Далла Векья (2009), анализов Беннета (1993—1994) и различных старых, не-филогенетических источников.[1]
Матрица включает 100 валидных видов птерозавров плюс один внегрупповой (Euparkeria capensis). Это составляет 70,4 % от 142 известных видов птерозавров. Они были собраны по 183 морфологическим признакам. Были изучены и сравнены 3 внешние группы и 57 внутренних групп, которые были собраны по 89 признакам.