В 1992 году Горно-Алтайский «Спартак» принял участие во 2-й лиге, 6-й зоне, первого чемпионата России, заняв в итоговой таблице 11-е место из 13 участников. Самую крупную победу алтайцы одержали на своем поле над командой «Нефтяник» Урай 6:2.Самое крупное поражение «Спартак» потерпел в Ленинск-Кузнецком от «Зари» 0:6,ставшей в итоге победителем зоны. Команда вновь начала выступать на межрегиональных соревнованиях в качестве клубной команды с 1995 года. Тогда было принято решение о выступлении команды в первенстве России среди любительских футбольных команд III дивизиона зоны «Сибирь». На уровне российских соревнований «Спартак» выступал до 2014 года. За это время команда успела выступить в первой и высшей лиге III дивизиона зоны «Сибирь», параллельно — в чемпионате и кубке Алтайского края и города Горно-Алтайска. Домашние матчи с участием «Спартака» зачастую собирали более 2-2,5 тыс. болельщиков. В 2004 году команда становится победителем кубка России среди любительских команд по зоне «Сибирь» и принимает участие в финальной части Кубка России. В 2010 году «Спартак» становится победителем в первенстве России среди любительских команд, зона «Сибирь» (III дивизион, I лига). Команда получила право выступать в высшей лиге III дивизиона, но переход на лигу выше означал бы необходимость дополнительных расходов, поэтому решено было оставить команду в первой лиге.
Начиная с сезона 2014 года «Спартак» принимает участие только в чемпионате и кубке Алтайского края, в которых неоднократно становится победителем и призером соревнований.
В сентябре 2010 года открылся реконструированный стадион «Динамо».
Спартак (Горно-Алтайск)
