Резервная команда «Нивы» выступала преимущественно на региональном уровне, в 1999 году став бронзовым призёром чемпионата Тернопольской области[1]. В 2000—2002 годах в качестве фарм-клуба тернополян во Второй лиге Украины выступала команда «Тернополь-Нива-2», сформированная на базе вузовской команды Тернопольского педагогического университета. В дальнейшем эта команда отделилась от «Нивы» и выступала на профессиональном уровне в качестве самостоятельного клуба под названием ФК «Тернополь».
В 2024 году руководством «Нивы» было решено создать вторую команду клуба и заявить её для выступлений во Второй лиге[2]. Незадолго до старта сезона 2024/25 команда объединилась с любительским клубом «Самбор» из Львовской области, в результате чего коллектив получил название «Самбор-Нива-2» и в качестве домашнего стадиона стал использовать самборский стадион имени Льва Броварского[3]. Дебютную игру на профессиональном уровне резервисты «Нивы» провели 8 августа 2024 года, в Самборе сыграв вничью со стрыйской «Скалой 1911» со счётом 0:0[4]