«Роча» — довольно молодой клуб, который образовался в 1999 году путём слияния 40 команд из разных городов департамента Роча. Из них 12 представляли собственно Рочу, шесть — Кастильос, по пять — Чуй и Себольяти, по четыре — Веласкес, Ла-Коронилью и Лескано. ФК «Роча» — главный и единственный профессиональный спортивный клуб своего департамента.
В 2003 году «Роча» пробилась в Высший дивизион чемпионата Уругвая.
В 2005 году «Роча» стал первой командой интериора Уругвая (то есть выступающей за пределами столичного региона), которой удалось выиграть значимый турнир национального уровня. Вопреки распространённому заблуждению, «Роча» никогда не выигрывала собственно чемпионат страны, в том году «роченсес» выиграли Апертуру сезона 2005/06, а уже в объединительных матчах за чемпионство в середине 2006 года провинциальная команда вчистую проиграла победителю Клаусуры «Насьоналю», который и стал чемпионом Уругвая сезона 2005/06.
Победа в Апертуре 2005 дала возможность скромному клубу, чей бюджет на тот момент составлял порядка полумиллиона долларов, выступить в самом престижном клубном турнире Южной Америки — Кубке Либертадорес в 2006 году. Команда заняла третье место в группе 5, опередив знаменитый перуанский «Университарио». Ниже представлены результаты выступления «Рочи» в Кубке Либертадорес:
По итогам сезона 2006/07 «Роча» вылетела во Второй дивизион. По итогам сезона 2015/16 команда заняла последнее место в сводной таблице Второго дивизиона и опустилась во Второй любительский дивизион (ныне Второй дивизион B Насьональ). В 2020—2021 годах «Роча» выступала во Втором дивизионе, но 2022 год вновь начнёт в третьем эшелоне уругвайского футбола.