Название премии обращено к учению Платона. Согласно нему, первая навигация означала постижение мира на основе чувств. Вторая же навигация была связана с умозрением и космически ориентированной мыслью. Первая навигация обернулась неудачей, потому что досократикам не удалось объяснить воспринимаемый мир посредством чувств в полной мере. Поэтому философия нашла новое измерение: бытиесверхчувственного, умопостигаемого. Это означало открытие метафизики.[2]
В самом начале своего существования "Вторая навигация" имела семь номинаций: «За разработку классических проблем философии», «За философский анализ современности», «Философский дебют», «За философскую инвестицию в культурную жизнь Петербурга», «Учебник по философским наукам», «За большой вклад в развитие философии в Санкт-Петербурге», «Философское эссе». В 2003 году жюри сократило число номинаций с семи до трёх — «За разработку классических проблем философии», «За философский анализ современности» и «За философскую инвестицию в культурную жизнь Петербурга». Именно они являются основными номинациями «Второй навигации» по сей день. Однако в разные года на протяжении всего периода вручения премии количество номинаций могло меняться.
Сергей Александрович Чернов. «Иммануил Кант. Из рукописного наследия (материалы к «Критике чистого разума», Opus Postumum)». Часть вторая. М.: Прогресс-Традиция. 2000.
За философский анализ современности
Исупов К.Г. «М.М. Бахтин: Pro et contra». СПб.: РХГИ. Часть I. 2002; Часть II. 2003. Вступительные статьи, составление, комментарии, примечания.
За философскую инвестицию в культурную жизнь Петербурга
Горичева Т.М., Иванов Н.Б., Орлов Д.У. — за возрождение жанра философского диалога и книгу «Ужас реального». СПб.: Алетейя. 2003.
Гусев С.С. «Коммуникативная природа субъективной реальности» в журнале «Эпистемология и философия науки» и раздел «Науки о человеке» в книге «История и методология науки». СПб, Издательство СПбГУ, 2004.
За философский анализ современности
Марков Б.В. «Человек, государство и Бог в философии Ницше». СПб, Владимир Даль, 2005.
За философский дебют
Разеев Д.Н. «В сетях феноменологии». СПб, Издательство СПбГУ, 2004.
За философскую инвестицию в культурную жизнь Петербурга
Прасолов Михаил Алексеевич. «Субъект и сущее в русском метафизическом персонализме». Санкт-Петербург: Астерион, 2007.
За философский анализ современности
Рыков Анатолий Владимирович. «Постмодернизм как «радикальный консерватизм»: проблема художественно-теоретического консерватизма и американская теория современного искусства». Санкт-Петербург: Алетейя, 2007.
За разработку актуальных проблем политической философии
Ноженко Мария. «Национальные государства в Европе». Санкт-Петербург: Норма, 2007..
За философскую инвестицию в культурную жизнь Петербурга
Слинин Ярослав Анатольевич.
За философский дебют
Грякалов Николай Алексеевич. «Фигуры террора». Санкт-Петербург: Издательство Санкт-Петербургского университета, 2007.
Власова О. А. Карл Ясперс: Путь философа. СПб.: Владимир Даль, 2018 (с формулировкой – «За плодотворное исследование европейской философской мысли и внимание к творческой личности мыслителя»).
За философскую инвестицию в культурную жизнь Санкт-Петербурга