Перед началом сезона два клуба первого дивизиона — вылетевшая из премьер-лиги «Алания» и «Локомотив» Чита — на заседании комитета ПФЛ были лишены лицензии профессиональных клубов и исключены из соревнования[1]. На их место были допущены клубы «Машук-КМВ» и «Лада» Тольятти, занявшие вторые места во втором дивизионе[2]. Российский футбольный союз постановил 28 февраля вернуть статус профессиональных клубов «Алании» и «Локомотиву»,[3] и 6 марта ПФЛ приняла решение расширить на сезон 2006 года первый дивизион до 24 команд[4][5].
Однако, 20 марта РФС принял окончательное решение отказать клубам «Алания» и «Локомотив» в лицензии[6].
* «Волгарь-Газпром», «Динамо» (Махачкала) и «Лада» не получили лицензии на выступление в первом дивизионе в 2007 году. «Волгарь-Газпром» и «Динамо» (Махачкала) следующий сезон проведи в любительской лиге, «Лада» — во втором дивизионе.
** Решением КДК РФС от 9 ноября 2006 года с команды «Орёл» были сняты 6 очков за непогашенную задолженность перед клубом «Луч-Энергия» за переход Оливейры.
1 июня Администрацией ПФЛ на основании решения КДК РФС было принято решение о снятии с «Кубани» 18 очков, с «Динамо» (Махачкала) — 6 очков из-за нарушений клубами сроков и условий по трансферам игроков[7]. Вскоре действие данного решения было приостановлено[8], а 14 июня Апелляционный комитет РФС отменил решение КДК РФС от 1 июня о снятии с ФК «Кубань» 18 очков[9]. Позже очки были возвращены и «Динамо»[10][11].
Химки, Кубань
Евгений Алхимов (Урал) (25 мячей)
)
)
не получил лицензию
