В 2006 году проходил один из самых захватывающих и напряженных чемпионатов последних лет, в котором битва между Ники Хэйденом из Honda и Валентино Росси из Yamaha продолжалась до самой последней гонки. Хэйден первый раз выиграл титул чемпиона мира. 7 разных гонщиков одерживали победы в гонках по ходу чемпионата, в том числе и первые для себя (Дани Педроса, Тони Элиас и Трой Бейлисс). Гонщик Yamaha Валентино Росси отыграл 51 очко разрыва в турнирной таблице и перед последней гонкой сезон был первым в общем зачете. Хэйдену не посчастливилось быть сбитым собственным напарником по команде в предпоследней гонке сезона в Португалии, но он смог вырвать общую победу у Валентино Росси, потерпевшего аварию в последней гонке чемпионата в Валенсии.
В классе 250cc Хорхе Лоренсо выиграл свой первый чемпионат, одержав 8 побед. Другой гонщик ApriliaАльваро Баутиста победил в чемпионате класса 125cc тоже с 8 финишами на первом месте.