Метод Trim-Away (Bymk; Trim-Away)

Метод Trim-Away — это метод быстрой принудительной высокоизбирательной (селективной) деградации эндогенных белков в клетках млекопитающих, который не требует предварительной модификации генома или матричной РНК. Поскольку избирательность метода Trim-Away основана на использовании антител, его можно применять к широкому спектру белков-мишеней с использованием готовых моноклональных антител. Trim-Away позволяет исследовать функцию белка в самых разных типах клеток^[1]^[2]. Разработан под началом Мелины Шух в сотрудничестве с Dean Clift^[3].

Принцип действия

В основе метода лежит использование лигазы убиквитина - TRIM21, которая связывается с высоким сродством с доменом кристаллизующегося фрагмента иммуноглобулина Fc антител^[4]. Во время заражения TRIM21 транспортирует систему убиквитин-протеасом к связанным с антителом патогенам, что приводит к их разрушению. Разработаны многочисленные модификации этого метода^[5].

PROTAC

Широкое распространение получили также методы PROTAC (PROteolysis TArgeting Chimeras) использующие гетеробифункциональные молекулы, которые соединяют белок подлежащий удалению с E3 убиквитин-лигазой^[6]^[7].

Примечания

↑ Clift D., McEwan W. A., Labzin L. I., Konieczny V., Mogessie B., James L. C., Schuh M. A Method for the Acute and Rapid Degradation of Endogenous Proteins. (англ.) // Cell. — 2017. — doi:10.1016/j.cell.2017.10.033. — PMID 29153837. [исправить]
↑ How to destroy any protein in any cell Архивная копия от 1 декабря 2017 на Wayback Machine. ScienceDaily, 16 November 2017, Max-Planck-Gesellschaft.
↑ Melina Schuh awarded the EMBO Gold Medal - MRC Laboratory of Molecular Biology (неопр.). Дата обращения: 1 марта 2019. Архивировано 2 марта 2019 года.
↑ James L. C., Keeble A. H., Khan Z., Rhodes D. A., Trowsdale J. Structural basis for PRYSPRY-mediated tripartite motif (TRIM) protein function. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2007. — Vol. 104, no. 15. — P. 6200—6205. — doi:10.1073/pnas.0609174104. — PMID 17400754. [исправить]
↑ Röth, S., Fulcher, L. J., & Sapkota, G. P. (2019). Advances in targeted degradation of endogenous proteins. Cellular and Molecular Life Sciences, 76(14), 2761–2777 doi:10.1007/s00018-019-03112-6 PMC 6588652
↑ Sun, X., Gao, H., Yang, Y., He, M., Wu, Y., Song, Y., ... & Rao, Y. (2019). PROTACs: great opportunities for academia and industry. Signal Transduction and Targeted Therapy, 4, 64(2019). doi:10.1038/s41392-019-0101-6 PMC 6927964
↑ Gao, H., Sun, X., & Rao, Y. (2020). PROTAC Technology: Opportunities and Challenges. ACS Medicinal Chemistry Letters, 11(3), 237-240. https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.9b00597

[1] Clift D., McEwan W. A., Labzin L. I., Konieczny V., Mogessie B., James L. C., Schuh M. A Method for the Acute and Rapid Degradation of Endogenous Proteins. (англ.) // Cell. — 2017. — doi:10.1016/j.cell.2017.10.033. — PMID 29153837. [исправить]

[2] How to destroy any protein in any cell Архивная копия от 1 декабря 2017 на Wayback Machine. ScienceDaily, 16 November 2017, Max-Planck-Gesellschaft.

[3] Melina Schuh awarded the EMBO Gold Medal - MRC Laboratory of Molecular Biology (неопр.). Дата обращения: 1 марта 2019. Архивировано 2 марта 2019 года.

[4] James L. C., Keeble A. H., Khan Z., Rhodes D. A., Trowsdale J. Structural basis for PRYSPRY-mediated tripartite motif (TRIM) protein function. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2007. — Vol. 104, no. 15. — P. 6200—6205. — doi:10.1073/pnas.0609174104. — PMID 17400754. [исправить]

[5] Röth, S., Fulcher, L. J., & Sapkota, G. P. (2019). Advances in targeted degradation of endogenous proteins. Cellular and Molecular Life Sciences, 76(14), 2761–2777 doi:10.1007/s00018-019-03112-6 PMC 6588652

[6] Sun, X., Gao, H., Yang, Y., He, M., Wu, Y., Song, Y., ... & Rao, Y. (2019). PROTACs: great opportunities for academia and industry. Signal Transduction and Targeted Therapy, 4, 64(2019). doi:10.1038/s41392-019-0101-6 PMC 6927964

[7] Gao, H., Sun, X., & Rao, Y. (2020). PROTAC Technology: Opportunities and Challenges. ACS Medicinal Chemistry Letters, 11(3), 237-240. https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.9b00597

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]