Клуб был создан в 2006 году, директором Лебединского семенного завода Дмитрием Кравченко, при содействии администрации Шполянского района[1]. Команда базировалась в Шполе и проводила домашние матчи на местном стадионе «Колос». В 2006 году команда стартовала в чемпионате Черкасской области, где в дебютном сезоне заняла 5-е место[2]. Уже в следующем году клуб завоевал серебряные награды первенства, а в 2009 — впервые стал чемпионом области. В 2012 году администрация района перестала финансировать команду, в связи с чем из названия было убрано упоминание районного центра, а сам клуб переехал в Лебедин, где в 2016 году был открыт новый клубный стадион — «ЛНЗ-Арена» на 850 мест[1]. В связи с реорганизацией, сезон 2013 года ЛНЗ начал в первой лиге чемпионата области, которую с ходу выиграл. В 2016 и 2017 годах команда снова выиграла чемпионат области.
В 2017 году клуб дебютировал на всеукраинском уровне, заявившись для участия в любительском кубке Украины. В дебютном сезоне команда стала обладателем трофея, в финале обыграв «Викторию» из Николаевки со счётом 3:2 по итогам двух матчей. Победив в турнире, «ЛНЗ-Лебедин» получил право в сезоне 2018/19 участвовать в Кубке Украины, где в первом предварительном раунде команда в серии пенальти обыграла житомирское «Полесье», а во втором, опять же, по пенальти, уступила криворожскому «Горняку». Также, в том же сезоне, клуб впервые принял участие в любительском чемпионате Украины, где стал победителем своей группы, но в полуфинале турнира уступил будущему чемпиону — «ВПК-Агро». Команда продолжила выступать в любительских соревнованиях, в сезоне 2020/21 выиграв «золотой дубль» среди любителей, став победителем чемпионата и обладателем любительского Кубка Украины. По ходу сезона команда переехала в Черкассы и сменила название на ЛНЗ. Летом 2021 года клуб прошёл аттестацию для участия во Второй лиге чемпионата Украины. Первую игру на профессиональном уровне команда провела в Киеве, 25 июля 2021 года, где со счётом 2:1 уступила местному «Левому берегу». Дебютный гол ЛНЗ во второй лиге забил Ярослав Галенко[3]. Осеннюю часть своего первого сезона среди профессиональных клубов команда завершила на третьем месте своей группы. 24 февраля 2022 года началось вторжение российских войск в Украину, в связи с чем чемпионат 2021/2022 был досрочно завершён. Следующий сезон ЛНЗ начал уже в первой лиге, где стал бронзовым призёром, а затем в стыковых матчах за право выступать в Премьер-лиге черкасщанами был обыгран петровский «Ингулец». Тем самым, ЛНЗ стал первым представителем Черкасской области в УПЛ. Дебютный сезон в Премьер-лиге команда завершила на 7-м месте.