Начал профессиональную карьеру в асунсьонской «Олимпии» в 1994 году. Довольно скоро получил вызов из сборной Парагвая и с 1996 года довольно регулярно выступал за национальную команду. После чемпионата мира 2006 года, уже третьего в карьере Канисы, игрок принял решение завершить выступления за сборную, однако в 2007 году принял приглашение вновь назначенного главного тренера сборной аргентинца Херардо Мартино возобновить выступления за «Альбироху», где высоко ценится его универсальность — умение сыграть как в центре обороны, так и в середине поля.
Между тем, на клубном уровне Каниса впервые решил сменить команду лишь в 1999 году. Поиграв 2 сезона за аргентинский «Ланус», он перебрался в Мексику, где успешно выступал за три команды. В 2008 году вернулся в «Олимпию». В 2009 году в очередной раз стал чемпионом Парагвая (Клаусура), однако сделал он это с клубом «Насьональ», который выиграл свой первый трофей за последние 63 года.
С 2010 по 2011 выступал за мексиканский клуб «Леон».
Парагвай
.svg){kind=small}
