Джонс родился в Блэронде, шахтёрской деревушке в долине Ронда, и начал свою карьеру в молодёжной команде местного клуба «Кардифф Сити». Тем не менее в первую команду Нейтан не пробился и покинул Кардифф летом 1991 года. Первым клубом во взрослом футболе стал «Мэйстег Парк». Затем — «Тон Пентре» и клуб футбольной конференции «Мертир-Тидвил». После двух лет на «Пенидаррен Парк» в 1995 году Джонс получил повышение и перешёл в «Лутон Таун» Дэвида Плита за 10 000 фунтов стерлингов. Однако, вскоре затосковав по дому, покинул клуб, так и не сыграв за него ни одного матча. Переезд в Испанию стал новым этапом его карьеры. Джонс стал игроком клуба «Бадахос», выступавшего во втором дивизионе. Руководил клубом англичанин Колин Эддисон. Сезон 1995/96 сложился для команды весьма успешно, «Бадахос» был в шаге от повышения в классе в Ла Лигу, но уступил место «Эстремадуре». В следующем сезоне 1996/97 Джонс перешёл в «Нумансию», выступавшую в Сегунде B, и помог ей выйти в плей-офф. По собственному признанию Нейтана, время, проведённое в Испании, оказало большое влияние на его жизнь и карьеру[2].