Клуб был основан гибралтарскими военнослужащими, оставшимися в Гибралтаре во время Второй Мировой войны, в то время, как гражданское население было эвакуировано. Футбольные матчи в военное время проводились против команд британских полков и других воинских формирований, находившихся на полуострове.
До слияния с «Лайонс» в 2011 году «Гибралатар Юнайтед» завоевал 11 чемпионских титулов. В 2014 году клуб был вновь восстановлен и заявлен во второй дивизион. Завоевав первое место во втором дивизионе, клуб получил право участвовать в премьер-дивизионе, начиная с сезона 2015/2016.