Он учился в местной школе в Вазунгене у Йоханнеса Штойерлейна. С 1588 года посещал школу в Шпайере. После женитьбы в 1589 году получил должность в гимназии в Шлойзингене. Около 1596 года Вульпиус стал кантором в Веймаре. Начиная с 1602 года опубликовал множество сборников церковной музыки, а также школьный учебник по музыке (1610), переиздававшийся на протяжении более чем полувека[5].
Наиболее известная мелодия Вульпиуса, «Jesu Kreuz, Leiden und Pein», опубликованная в «Ein schön geistlich Gesangbuch» (Йена, 1609), была использована Бахом при написании «Страстей по Иоанну».
«Страсти по Матфею» Мельхиора Вульпиуса. Ноты для использования в школьном хоре города Пори, текст на финском и шведском языках
Charles Stanford Terry. Bach Chorales. Part I: The himns and himn melodies of the «Passions» and oratorios. — Cambridge: at the University Press, 1915. — P. 28.