Получил юридическое образование, однако позднее решил избрать теологическую карьеру. С 1905 года — пастор Реформированной церкви Франции. С 1929 по 1961 год — первый президент Протестантской федерации Франции (Fédération protestante de France). В 1938—1948 годах — президент административного комитета временного Всемирного совета церквей, а после окончательного учреждения Совета — один из его сопредседателей до 1954 года.
В годы оккупации Бёнье приложил немало усилий для спасения евреев, за что в 1988 году израильский Институт Катастрофы и героизма «Яд ва-Шем» присвоил ему почётное звание Праведник мира[5]. В 1943 году открыто осудил принудительную отправку людей на работу в гитлеровскую Германию. Маршал Петен, не желая вступать в открытую конфронтацию с Гитлером по еврейскому вопросу, тем не менее с одобрением относился к деятельности Бёнье, в годы войны лично встречался с ним 6 раз и даже наградил его высшей наградой режима Виши — орденом Франциски. После войны, на процессе по обвинению Петена в государственной измене, Бёнье свидетельствовал о «добрых намерениях» маршала.
После войны участвовал в экуменическом движении, был приглашён в качестве наблюдателя на Второй Ватиканский Собор (1962—1965), где провёл публичный диалог с кардиналом Августином Беа и встречался с папой Павлом VI.
Франция
Медиафайлы на Викискладе
