Впоследствии Франсиско Борха присоединился к Карвахалю и французским кардиналам, когда они предприняли неудачную попытку свергнуть Юлия II на соборе в Пизе в 1511 году.
Лишён кардинальского титула 24 октября 1511 по решение Коллегии кардиналов и скончался от апоплексического удара в Реджо-нель-Эмилия.
Франсиско де Борха упоминается в компьютерной игреAssassin's Creed: Brotherhood. По сюжету, он послал зашифрованное письмо главарям Последователей Ромула, римской религиозной секты, с приказом очистить Рим от ордена ассасинов. Однако, это письмо было перехвачено главным героем игры ассасином Эцио Аудиторе[2].