Клуб основан в 1927 году, домашние матч проводит на стадионе «Лас Лукас», вмещающем 2500 зрителей.
После основания клуб долгое время выступал в региональной лиге. В 1952 году клуб зарабатывает повышение в лиге и в сезоне 1952/1953 дебютирует в третьем по значимости футбольном дивизионе Испании, где проводит 8 сезонов. В сезоне 1960/1961 клуб вновь выступал в региональной лиге и вновь заработал повышение в классе. В третьем дивизионе «Аскойен» проводит ещё 4 сезона, после чего вылетает в региональную лигу. В 1991 клуб впервые за 26 лет возвращается в четвёртый дивизион. В 2002 году команда выиграла Терсеру и заработала повышение. Однако, в первом же сезоне в третьем дивизионе команда занимает лишь 19 позицию и выбывает. Уже спустя год клуб вернулся в Сегунду Б, выиграв Терсеру. После двух сезонов в третьем дивизионе клуб вылетает. В первом же сезоне после возвращения в четвёртый дивизион команда занимает 18 позицию и выбывает в региональную лигу.